单细胞转录组在动物研究中的应用

现在单细胞测序有多火就不用多说了，在各个研究领域都有单细胞忙碌的身影。目前10x Genomics单细胞转录组已发表的文章中，物种绝大多数还是人和小鼠的，今年已有其他物种的文章陆陆续续冒了出来，今天就来盘点一下目前已发表的动物研究领域的10x单细胞转录组文章，包括小鼠、斑马鱼、果蝇、海鞘、蝾螈，看看有没有你的研究领域和方向。还没搭上10x单细胞这趟早班车的抓紧时间啦～
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小鼠

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文章特别多，列举两篇有代表性的：

小鼠20个组织单细胞图谱

Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris

发表期刊：Nature

影响因子：41.577

发表时间：20181003

材料与方法：来自三个月大的三只雌性小鼠和四只雄性小鼠的20种器官，FACS方法分离出44,949个细胞进行SMART-Seq2，55,656个细胞进行10x Genomics单细胞转录组

研究对来自小鼠20个器官和组织的约10万个单细胞进行测序分析，结果揭示了之前研究中从未在完整展示的基因表达图谱，并且能直接比较不同组织和细胞类型的基因表达，最终建立了一个名为Tabula Muris的储存小鼠细胞细信息的开源数据库。

研究运用了两种单细胞技术：一种方法是基于微流体液滴的10x Genomics单细胞转录组，能够在相对低的覆盖率下检测数千个细胞；另一种是基于FACS分选的单细胞全长转录组分析，能够在高覆盖范围内检测单个细胞。

图1  小鼠细胞t-SNE可视化

 

小鼠小脑发育图谱

A Single-Cell Transcriptional Atlas of the Developing Murine Cerebellum