NBT重磅－2小时内生物芯片直接检测上千条序列是否含有抗药性突变

生病的时候，最想知道的便是是否什么细菌的感染，吃什么抗生素管用。对现有抗菌药物具有抗药性的病原体的出现是一种日益严重的全球健康危机。为了减少抗生素的过度使用，需要能够快速鉴定临床样品中的病原体。来自InSilixa公司的课题组在nature biotechnology发文开发了一种完全集成的微型半导体生物芯片，可进行多重核酸扩增和序列分析。该方法具有高动态范围的微生物负荷量化，并且能够在<2小时内同时对多达1,000个序列进行全面的突变分析。在临床样品中检测并定量了多种DNA和RNA呼吸道病毒，与市售测试完全一致。还鉴定了结核分枝杆菌的6个基因中存在的54种与药物抗性相关的突变，，所有这些突变都通过新一代测序证实。

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NAAT..的主要组成部分包括一个流体室，其中从临床样品中提取的核酸经过多重PCR过程，一个带有可寻址像素的固相寡核苷酸DNA阵列，每个都含有与PCR扩增子特定部分互补的序列，以及嵌入式生物传感器阵列），能够在多重PCR的每个像素处检测DNA-DNA杂交事件。

在qPCR中，EvaGreen 相比传统的 SYBR Green 染料，具有毒性小，对 PCR 反应抑制弱，可以接受较广的 pH 波动，同时稳定性强，发光强度高的优点。