藏鸡驯化的多起源和适应性进化(3)

对来自青藏高原的藏鸡的基因组进行了测序，深度为162X，scaffold N50为2.02Mb，覆盖了全基因组序列的90％，注释了17,462个蛋白质编码基因和773个非编码RNA基因。为了评估基因组的组装质量，将藏鸡的序列定位到红原鸡参考基因组序列上，98％的红原鸡染色体序列能被藏鸡的序列覆盖。

之前的研究表明，..动物与其生活在较低海拔地区的对应物种进行比较时，基因组中嗅觉受体基因家族收缩，这可能是由于高原上气味扩散较慢，气味与嗅觉受体之间的相互作用减弱，从而在..动物基因组中丢失了。藏鸡基因组中也没有鉴定出很多RJF嗅觉受体基因。

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两个藏鸡群体独立驯化

对5只野生的红原鸡和27只驯养鸡进行了重测序，驯养鸡包括10只藏鸡、8只云南鸡、8只东南亚的斗鸡和1只商品鸡，平均测序深度为16.3X。这些鸡的进化树分析显示，藏鸡被分成明显不同的两个分支，主成分分析和群体结构分析也说明藏鸡被分为两组（图1）

这说明藏鸡的驯化是多起源的。与商品鸡相比，藏鸡具有较高的杂合度，而与常规土鸡相比，第一组藏鸡则具有最高的连锁不平衡（LD），说明人工选择导致高度的近亲繁殖（图1）。

图1 藏鸡与其它鸡群体之间的分化关系