藏鸡驯化的多起源和适应性进化(4)

系统发育分析将藏鸡分为两组，但没有确定二者之间的分化关系。使用TreeMix推断不同品种之间的迁移模式，发现商业鸡对第二组藏鸡具有遗传贡献，这与近期的藏鸡育种有关，但两组藏鸡之间没有发现任何明显的基因流（图2）。f3测试和D测试也显示了相似的结果。这些研究表明，藏鸡驯化至少是双起源的。 [转载出处：www.11jj.com]

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图2 鸡群体之间的基因流事件

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鸡有效群体大小的历史分布

使用PSMC模型推断鸡的群体有效大小历史，发现鸡祖先的有效群体在1百万年左右开始增加，到10万年左右达到高峰，达到峰值后大幅下降。这也与东南亚已知的环境变化相符，在第四纪冰期（约2.4百万年前开始），东南亚的热带雨林是世界上生物多样性最丰富的地区之一，然而，在末次冰期（〜125-10 ka），森林面积大幅减少，大大降低了该地区物种的生物多样性和种群数量。

图3 鸡有效群体大小的历史分布

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两个藏鸡群体独立选择信号